2007年以来北京市轨道交通发展进入“黄金时代”，运营线路从4条增加到15条，运营里程从54公里增至了372公里，网络化运营已形成规模。进入2012年来，地铁全路网日客运量已四次突破历史纪录，高达839.1万人次，首次突破800万，其中北京地铁公司所辖13条线路最高日客运量已达716万人次。
随着全市轨道交通路网的不断扩大，北京地铁公司所辖运营线路也从2007年的4条增加至13条，车站达到180座，运营总里程达到323公里，日开行列车近4800列。由于轨道交通对客流的吸引作用，公司所辖13条线路年客运量从2007年6.55亿人次猛增到2011年的18.7亿人次，工作日日均客运量约为600万人次。从2007年起至今年5月底，北京地铁公司所辖线路客运总量已达75.39亿人次。
安全管控强化畅通
面对轨道交通快速发展，北京地铁公司凭借积累了40余年的运营管理经验，狠抓安全管控不放松，依靠全体员工齐心协力、共同奋斗，在保证既有线路安全运营的前提下，先后于2007年、2008年、2010年和2011年开通试运营5号线、8号线、10号线、机场线、房山线、亦庄线、昌平线、15号线和9号线，为首都公共交通做出新的贡献。
北京地铁公司在安全管控方面，认真贯彻落实国家及北京市安全生产方针政策，以提升安全运营管控能力为核心，以弘扬地铁安全文化为重点，以“科技强安、管理固安、文化兴安”为举措，以加强基层建设、提高基础能力为抓手，积极构建具有首都地铁特色的“人、机、环、管”四大要素与“治、控、救”三道防线组成的“矩阵式”安全管控体系，全面提升网络化安全管理工作的科学化、信息化、精细化水平，不断推进公司安全管理再上新台阶，确保全路网安全平稳运营。
公司不断完善安全生产责任制、隐患排查治理、安全激励与约束、安全培训教育、安全监督检查、安全事故管理、运营形势分析、安全评价等八大制度，做到安全责任“横向到边、纵向到底”，不留死角漏洞。2009年公司举办“让过去告诉未来”大型安全展，建成安全教育培训基地，收集了地铁运营40年来68个典型案例，通过鲜活的案例和生动的讲解对全体员工进行警示教育，至今共组织员工近5万人次参观，特别是新员工和转岗员工，必须参观展览接受教育后方可上岗。每年安全生产月期间公司都在员工中开展安全知识竞赛、安全演讲比赛、征文、安全摄影比赛等，并对乘客开展安全宣传、安全品牌建设、安全志愿者咨询等活动。
公司每年举行“金手柄”奖评选活动，对安全行车达到70万公里、60万公里和50万公里的地铁司机分别授予“金手柄”、“银手柄”和“铜手柄”奖，并进行一次性奖励，极大地调动了员工的遵章守纪、安全行车的积极性。目前此活动已进行了6届，先后有121人次获奖，累计发放奖金197万元。
2011年北京地铁公司荣获国家安全文化建设示范企业称号，2011年公司在国际地铁协会中综合排名名列第二位，其中安全可靠性等7项指标名列第一。
更新改造保障畅通
为彻底解决1、2号线安全隐患，北京地铁公司克服边运营边改造的风险，于2009年顺利完成了投资85亿的1、2号线更新改造工程。地铁既有线路的更新改造工程，起源于地铁1、2号线车辆设备消隐改造工程，共计63大项、186个子项。由于有关部门不断加大投入，地铁改造工程也由当初的消隐工程逐步扩大到超过85亿元的既有线更新改造工程。工程范围包括反恐处突工程、2号线新增84辆车、车辆强检强修、2号线144辆车提前更新、车站综合整修工程、八通线AFC系统工程、小营指挥中心移设工程等，共计12大项。此次更新改造显著提升了北京地铁1、2号线的车辆设备能力和可靠性，为1、2号实现目前的运营间隔奠定了物质基础和技术条件。
为继续提高既有线运力和安全服务水平，2010年北京地铁公司启动了新一轮改造工程，包括1号线信号系统改造、5号线车辆段改扩建与供电系统改造工程和114辆老车更新站内的新一轮改造工程正在稳步推进。同时，1、2、5号线车辆更新购置、13号线和八通线加装屏蔽门工程也得到批复，将于今年实现部分站点的试点安装。今年4月12日，1号线19组直流车已全部退出运营正线，这标志着北京地铁全面进入了空调车时代。
公司建立安全专项基金，加装了车辆轴温探测系统、道岔融雪装置、重点岔区防雪棚、购置了轨道检测车、应急抢险车等设备和装置，开发了乘务员行车安全提示系统、综控员安全作业检查系统等关键作业保障系统，提高运营安全技术保障水平。
先进技术设备的投入，使地铁系统硬件能力逐步提升，为地铁不同线路提高运力，缩短列车运行间隔，提供优质服务奠定了坚实的基础。
运营服务优化畅通
为应对持续攀升的客运量，北京地铁公司坚持深挖自身潜力，走内涵式发展道路，并始终按照“客流服从安全”的原则，从2007年至今已26次缩短不同线路高峰时段的列车最小运营间隔，目前2号线2分钟的最小运营间隔已达到世界先进水平。
为提高运营效率，公司继续通过内部挖潜、管理创新和技术改造，创新行车组织方式，实现了八通线大小交路套跑，调整了部分线路平峰时段列车间隔，在1号线西段运行大站空车，以缓解西段高峰时段客流拥挤。
针对地铁既有线路已无法扩大列车编组的现状，公司还着手研究优化调整部分线路信号系统以增加列车通过能力和折返能力；优化电客司机操作流程，减少站停和折返时间；增加疏导力量，充分发挥公共文明引导员和地铁志愿者的作用，持续倡导文明乘车、文明乘梯、文明刷卡、文明礼仪、文明驾驶，号召社会各界与公司一起共同维护良好的乘车环境，以确保地铁路网的高效运营。
为更好地为乘客服务，2012年公司开通了官方微博，并利用乘客服务中心和PIS系统及时发布有关运营服务的信息，受到乘客的欢迎。
目前，北京轨道交通路网整体运力与乘客出行需求基本匹配，只是在某些时段内有些线路的部分区段压力较大，为此，北京地铁公司始终按照“客流服从安全”的原则，采取“联网限流、区域联动”的综合措施成功应对早晚高峰时段的大客流冲击，并圆满完成了奥运会、残奥会运输保障工作和庆祝建国60周年运输保障和重点运输阶段运输保障工作。
管理创新促进畅通
公司“十二五”战略发展规划于2011年获得市国资委批准，这一关系到公司未来发展的纲领性文件，为公司发展指明了方向。确定了方向，就需要一支懂技术、会管理的管理者队伍来执行。公司成立40余年来，积聚了一支优秀的经营管理团队，积累了丰富的运营管理经验，形成了覆盖各个方面的一整套完备的规章制度体系，并不断强化全体员工遵章守纪的意识和执行力。“高度集中、大联动机、半军事化”是北京地铁显著的管理特点和优势。近年来，公司又通过管理创新，推行了战略管理、文化管理以及全面预算管理、ISO9001质量管理和绩效管理等管理措施，使北京地铁的管理在一个更高的层面上得到不断升华。
为了进一步加强企业安全责任的落实，2009年公司进一步深化管理体制改革，打破原有的专业分公司体制，成立运营分公司对所辖线路的安全运营管理负主体责任，形成站车一体化管理模式，设备专业分公司凭借项目部制改革为运营分公司提供设备维护服务，安全责任更加明确，体制更加清晰，更有利于网络化运营阶段的安全管理。
通过一系列改革举措，公司构筑大规模网络化运营管理平台的框架已经基本形成，各项改革配套措施和运行机制正在逐步到位，并在应对大客流冲击、新线开通以及服务重大运输保障任务中发挥了巨大作用，各项主要运营指标在保持高水平的基础上继续稳中有升，过硬的管理能力强力支撑着公司未来的发展。
北京地铁公司2007年被评为首都文明行业；2008年被国务院授予北京奥运会、残奥会先进单位荣誉称号；2009年全面通过首都文明行业回评复查考评工作，继续保有首都文明行业称号；2010年被交通部授予全国交通运输文明行业称号；2011年公司荣获国家安全文化建设示范企业称号；2010年和2011年连续两年荣获“北京影响力——影响百姓经济生活的十大企业”称号。