初定2009年元旦通车《总体设计》显示，为了知足在2009年哈尔滨举办世界大学生冬季运动会前通车的要求，轨道交通一期工程需在2008年底前完成。其中地下一层为站厅层，面积为6160平方米；二层为站台层，面积为3540平方米。车站终端售票设备由自动售票机、人工售票机、进、出站检票机等组成。
博物馆站位于东大直街下，博物馆广场北侧，也是“7381”工程已建成的站，是与轨道交通2号线的换乘站。 6辆车编组的列车总长117.72米，车体最大宽度2.8米，车厢地板面至轨面高1.1米。
烟厂站位于东大直街下，燎原街与三姓街之间，与规划4号线形成换乘。车站共设4个出进口，1号口位于黑龙江大学四周，2号口位于加油站四周，3、4号口位于理工大学四周。是1号线于3号线的换乘站，本站采用T形换乘。进、出站检票机设计在付费区和非付费区分界处，经检修车票有效后，检票机闸门方可打开。车站共设4个出进口。车站的四个出进口和四组风亭延桦树街布置，分别位于北棵头道街和北棵街两侧。新建车站内净总长134.5米，尺度段宽13.2米。车站共设8个出进口，分别沿保健路及学府路设置。列车开通后，运营时间为5：00—23：00，全日运营时间共计18小时，规划的初、近、远期行车距离时间一般分别不大于8分钟、5分钟和4分钟，每站停站时间最短为25秒，最长为35秒，站间距最短为722米(烟厂站至龙江街站)，最长为1681米(农科院站至哈南站站)。该站共设4个出进口，一号口与哈尔滨服装城开发改建相结合，二号口位于市藏书楼门前规划路北侧，三、四号口位于黑龙江大学四周的人行道绿化带内，地面共计建设6个风亭。车站采用地下二层岛式车站型式，总长179米，净宽17米，建筑总面积9700平方米。
电表厂站位学府路下偏东侧，靠近路东的三角形绿地。
清滨公园站位于西大直街下偏西侧，和兴路口以南。目前，车站的建设方案不决。地面共设4个出进口，均运分布在车站的四角。
龙江街站位于东大直街下，在龙江街与鞍山街之间。 因为地铁进口距地下站厅的间隔较远，在每个进口处都设置自动扶梯和直升电梯。车站采用地下二层岛式车站型式，总长170米，净宽19米，总建筑面积11206平方米。哈南站泊车场位于哈南站以北30米处，占地约9.5公顷。站厅层为8512平方米，站台层为5483平方米。
交通学院站位于东直路下，太平南三道街口处。 地铁的售票系统拟定采用自动和人工售检票相结合。每辆车开设4对对开门，门宽1.3米、高1.85米。
西大桥站位于西大直街下，灵通街与汉祥街之间，是“7381”人防工程上一个既有站。
工程大学站位于南通大街下，靠近文庙街口。车站采用地下二层岛式车站型式，车站主体长160米，标注段宽17米，总建筑面积8758平方米。
教化广场站位于西大直街下，上夹树街口。
地铁站的提高前辈举措措施除了车辆、车站这些必备的举措措施外，《总体设计》中对一些附属举措措施也进行了规划。
根据《哈尔滨市轨道交通一期工程总体设计》(以下简称《总体设计》)显示，1号线地铁哈尔滨南站站至哈尔滨东站站段正线长17.73公里，共设18座车站，均匀站间距1.014公里，最大站间距1.681公里(哈尔滨南站站至农科院站间)，最小站间距0.706公里(龙江街站至烟厂站间)。车站采用地下二层岛式车站型式，车站主体长338米，尺度段宽17米，总建筑面积15864平方米。车站采用地下二层岛式车站，主体长160米，净宽17米，总建筑面积9814平方米。车站采用地下三层侧式车站型式。
预计在地铁内设置工作照明和应急照明。太平桥车辆段位于规划平湖路以北、国铁太平桥以南、马家沟以东、新江桥街以西的地块内，占地约25公顷。照明灯布置在行车方向的左侧墙壁上，每隔6米布置一盏白炽灯具或节能型灯具，工作照明和应急照明相间布置，每隔两盏工作照明灯设置一盏应急照明灯，距离为18米。车站共设6个出进口，1、6号口位于太平税务局四周，2、3号口合设在建伟小学四周，4、5号口设在黑龙江工程学院四周。地面共设6个风亭，分别位于西北及东北角。灯具采用防潮、防腐、防震专用地道灯，站台层的照明以光带照明为主。
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农科院站位于学府路下，省农业科学院四周。
一期输送能力将达到每小时1.49万人，全日客运量可达到21.2万人次，可使全市地面公交日客运量减少4200车次。自动售票机设置在非付费区，可以识别面值5角、1元的硬币，也可以识别第四版和第五版面值10元、20元、50元人民币，乘客可根据自己要去的目的地选择票价不同的车票。车站采用地下二层岛式车站型式，总长160米，净宽17米，总建筑面积9035平方米，站厅层5732平方米，站台层3303平方米。是轨道交通1号线和3号线换乘车站，1、3号线共用的控制中央及主变电所设置在此。 1号线车站采用一岛一侧式车站，3号线采用岛式车站，1号线车站在上，3号线车站在下。