哈尔滨东站站位于哈尔滨东站站前广场下。
日运旅客21万人次运行过程中，每列车计划由两单元共6辆车组成，初期工程共需购车17列／102辆，由于要利用“7381”人防地道，所以推荐采用2.8米宽、3.7米高的车型，同时推荐使用工艺成熟、价格相对较低的耐候钢车体。
同时，《总体设计》中充分考虑到了地铁站内的通信。车站为对既有的“7381”人防工程进行改造，车站总长138米，净宽23米，车站总建筑面积9920平方米。地铁开通后，有可能引入CDMA、GSM、DCS、小通达、第三代移动通讯、无线局域网的通讯网，可以知足人们正常的通信。
铁路局站位于西大桥下，跃景街和公司街之间，是“7381”人防工程既有的车站。车站共设6个出进口，其中4个分别设在学府路两侧，2个置于地下开发空间范围内，西北角出进口与残疾人通道合建。在车站四角分设了4个进口，除东南角口布置于省军区用地范围内，其余进口距布置在南通大街两侧人行道的绿化带内。
太平桥站位于南通大街下，东直路口西侧。车站采用地下二层岛式车站，车站长326.7米，尺度段宽17米，主体建筑面积13935平方米。车站设置4个出进口，1号口位于学府路西侧靠近哈尔滨电表仪器厂，2号口位于自兴路南侧，3、4号口位于学府路东侧。依次为目标铺排的工程进度为：全线施工预备工作2005年3季度开始，2006年3季度完成；土建工程现场实施2005年底开始，2008年完成；全线区间土建工程2005年12月开始，2007年11月贯通；轨道铺设2007年12月开始，2008年4月完成；车辆段土建工程2006年初开始，2007年7月完成；全线车站机电设备安装和装修2007年6月开始，2008年6月完成；全线系统试通车前联动调试2008年7月至12月底；2009年1月1日试通车，直到12月31日为试运营；2010年1月提交国家验收。
个地铁站详细位置哈尔滨南站站位于学府路下，该站分别在学府路两侧设立了4个出进口，6个风亭。车站 共设4个出口。 1号线车站内净总长148米，尺度段宽19米，主体建筑面积6900平方米。车站采用地下二层岛式车站型式，总长258米，净宽17米，总建筑面积13995平方米。
医大二院站位于学府路下，保健路口南侧。其中站厅层7361平方米，站台层3845平方米。车站采用地下二层岛式车站型式，主体长205米，尺度段宽17米，总建筑面积12480平方米。直升电梯按照每个车站至少有一条无障碍通道供残疾人使用。其中，自动扶梯选用交通重载型自动扶梯，直升电梯采用额定载重1000Kg(13人)的无机房客货两用电梯。
南直路站位于桦树街下，在南直路以西，太平运动场四周。车站采用地下二层岛式车站，总长160米，净宽17米，总建筑面积10170平方米，其中站厅层5730平方米，站台层3300平方米。人工售票机设在非付费区，负责向乘客发售各类型的车票。本站在既有“7381”人防工程上新建的车站，远期与5号线换乘。
《总体设计》中显示，本工程设车辆段1座，预留泊车场1座。两站之间运行时间最短为53秒，最长为127秒，由哈尔滨东站站至哈尔滨南站站下行线运行时间约为20.216分钟，由哈尔滨南站站至哈尔滨东站站上行线运行时间大约为20.116分钟。其中，3号口跨和兴路，4号口跨大直街。
理工大学站位于学府路下，在学府二道街口处。该站将成为4号地铁线的换乘站。
黑龙江大学站位于学府路下，在学府四道街以北，市藏书楼与服装城之间。车站外包总长139.1米，尺度段宽13.2米，总建筑面积9350平方米。