地铁应急预案针对的突发事件主要分为自然灾害、社会安全、公共卫生、事故灾难等四大类。按照城市轨道交通运营突发事件的危害程度、紧急程度和发展趋势，将预警级别分为Ⅰ级(特别严重、红色)、Ⅱ级(严重、橙色)、Ⅲ级(较大、黄色)、Ⅳ级(一般、蓝色)。
在正式出台的《杭州市城市轨道交通运营突发事件应急预案》中规定，由市政府牵头成立的杭州市城市轨道交通运营突发事件应急指挥部，市政府分管副市长、必要时由市长担任指挥长，负责本市城市轨道交通运营突发事件的预测、预警和应急处置工作。
市轨道交通应急指挥部下设办公室(设在市地铁集团)，负责市轨道交通应急指挥部的日常工作，并设应急专线电话(28399333)，确保24小时专人值守。