2012年“五一”小长假期间（4月28日—5月1日）顺利结束，南京地铁运营分公司全体员工按照“五一运输方案”要求，奋战一线，确保了节日运输安全、有序。4天共计安全运送乘客530.04万乘次，日均132.51万乘次，其中4月28日安全运送乘客142.88万人次，打破去年平安夜140.09万人次的客流纪录。
经统计，小长假期间计划开行4271列次，实际开行4271列次，临时加开3列次，运行图兑现率100%。节日期间，尽管阴雨天气多，但客流继续保持增长态势。4天网络客运量达到530.04万人次，日均网络出行量112.41万人次，比去年同期101.2万人次增长了11.08%，比今年清明小长假日均网络出行量111.09万人次增长了1.19%。商业圈、交通枢纽、旅游景点站仍是客流密集地。从各车站日均客流来看，新街口站（13.21万人次）、南京站（7.91万人次）、三山街站（5.91万人次）、南京南站（5.87万人次）、迈皋桥站（5.61万人次）五个车站占据线网车站客流排名的前五位，这5个车站客流占全线网出行量的29.18%。